סיפורים ומדרשים רבים נכתבו ונאמרו על מצוות התפילין. מסירות הנפש שגילו היהודים על שמירתה של מצווה זו מחד וההגנה וההצלה שמצווה זו מעניקה לשומריה ומקיימיה מאידך, מתוארים בסיפורים מסמרי שיער ומתובלים במעשי נסים מדהימים.
הסיפור הניסי היותר מפורסם על מסירות הנפש בקיום מצוות תפילין הוא סיפורו של התנא אלישע שבעקבות הסיפור הבא, דבק בו השם: אלישע בעל כנפיים.
סיפור זה מתואר בגמרא במסכת שבת, דף מט.
מלכות רומי שלטה בארץ יהודה בתקופה שארכה כ 500 שנה שכללה בין היתר את תקופת בית המקדש השני. תוך כדי גזירות ותקנות של מלכות רומי שעיקרן היה גזירות דתיות שמנעו מהיהודים לנהל אורח חיים דתי, התעוררו קבוצות של יהודים למרד והתנגדות למלכות רומי והאחרונה לא בחלה בשום אמצעי לדכא את המרידות וההתנגדות היהודית. אחת הגזירות שגזרה מלכות רומי הרשעה היא האיסור להניח תפילין. יהודי שהניח תפילין בימי מלכות רומי הרשעה, שם את נפשו בכפו וגזר דינו היה מוות. היהודים, שחלקם נהגו להניח תפילין במשך כל היום ולא רק בתפילה, החלו לחשוש מאד, הסתגרו והניחו תפילין בצנעה ונמנעו מלקיים מצווה זו בפרהסיא. התנא אלישע, חיבב מאד את מצוות הנחת התפילין והיה רגיל להיות מעוטר בתפילין כל יום, כל היום, גם בהיותו מהלך בשווקים וברחובות. באחת הפעמים שהילך אלישע התנא ברחוב, מבית הכנסת אל ביתו מעוטר בתפילין, הבחין בו חייל רומי, שכל תפקידו היה לאתר מי מהיהודים מעז להניח תפילין חרף גזירות המלכות. אלישע התנא שהיה מעוטר בתפילין, הבחין אף הוא בחייל הרומי, חשש מאד והחל לברוח בכל כוחו אל ביתו על מנת להחביא שם את התפילין. החייל הרומי, שהיה צעיר יותר, חזק יותר ומהיר יותר, פתח אף הוא בריצה והחל להתקרב אל אלישע. בעודו רץ ומתנשף, התפלל אלישע התנא אל ה’ שיעשה לו ויציל אותו. תוך כדי ריצה, חלץ אלישע התנא את התפילין ועטף אותן בשתי כפות ידיו. החייל הרומי השיג את אלישע התנא וצעק לעברו שיעצור. החייל היה בטוח שהוא ראה את אלישע מעוטר בתפילין ונזף בו על “חוצפתו” לעבור על גזירת המלכות. החייל הרומי הבחין שאלישע התנא מסתיר דבר מה בידו והיה בטוח שאלו התפילין. חשב החייל הרומי בליבו שהוא תפס יהודי שמפר את גזירת המלכות ושאל את אלישע מה יש בידו. אלישע התנא שחשש מהתוצאות ניסה להתחמק ואמר לחייל הרומי: “כנפי יונה אני אוחז בידי”. החייל הרומי התעקש וסירב להאמין. הוא דרש והפציר באלישע שיפתח את ידיו. פתח אלישע התנא את ידיו וכנפי יונה צחורות הופיע בתוך כפות ידיו. נעשה לו נס והתפילין הפכו להיות כנפי יונה. התרצה החייל הרומי ושילח את אלישע התנא לשלום. מאותו מקרה דבק בו השם: “אלישע בעל כנפיים”. בהמשך הגמרא מדגישה ואומרת שהתפילין נהפכו לכנפי יונה דווקא ולא עוף אחר משום שישראל נמשלו ליונה שכשם שהכנפיים מגנות על היונה – כך המצוות מגנות על ישראל.